Tidak ada yang tidak mengetahui tentang Bi’ru Thoifur, “Sumur Thoifur”. Sumur yang terletak di Ma’had Rushaifah, Makkah tersebut merupakan salah satu karomah dari ulama Nusantara yang saat itu masih menimba ilmu kepada Sayyid Muhammad bin Alawi Al-Maliki. \
Sumur itu menjadi sumber air bersih untuk kebutuhan sehari-hari para santri ma’had. Saat KH. Muhammad Thoifur Mawardi masih menimba ilmu di Ma’had Rushaifah, keadaan kala itu sangat sulit, khususnya kebutuhan air bersih untuk kebutuhan sehari-hari. Waktu itu KH. Muhammad Thoifur Mawardi sampai tidak mandi berhari-hari karena sulitnya mencari air.
Merasakan situasi yang sangat pelik, KH. Muhammad Thoifur Mawardi pun melakukan shalat Istikharah untuk mencari sumber air. Hingga pada suatu ketika, dalam mimpinya, beliau melihat sebuah sumur yang berlokasi sangat dekat dengan keberadaan ma’had. Lalu KH. Muhammad Thoifur Mawardi menimba air di sumur tersebut, saat menimba itu beliau merasakan tali yang ditariknya sangat berat, hingga nampaklah sosok tubuh Baginda Nabi Muhammad SAW