Jika dibandingkan dengan fasilitas yang ada biaya masuk ke Pondok Pesantren Al Zaytun terbilang murah dan sangat terjangkau.
Apalagi kalau dibandingkan dengan biaya pendidikan di kota besar seperti Jakarta. Pendidikan di Al Zaytun jauh lebih murah.
Dilansir dari website Pondok Pesantren Al Zaytun, orangtua santri hanya dibebani dana titipan sebesar US.1. 500,- atau setara dengan Rp22.333.425,00. Biaya pendidikan tersebut untuk 6 tahun.
Jika dihitung secara rinci, maka jumlah tersebut di atas hanya cukup untuk biaya akodomasi dan konsumsi selama satu tahun saja, sedang lima tahun berikutnya menjadi tanggung jawab Yayasan atau mendapatkan subsidi penuh sebanyak US.$.7.500 atau setara Rp111.667.125,00.
Rp22.333.425,00 itu adalah titipan dsri orangtua santri. Yang bisa kembali diambil apabila dalam hal santri Al Zaytun tidak lagi bersekolah di sana.