Armada gugus 4 mempunyai tugas menjaga Selat Malaka, dan Kepulauan Natuna yang dipimpin seorang laksamana dari Jawa Barat.
Sedangkan Armada Gugus 5 memiliki kewenangan menjaga Laut Jawa, sampai ke arah timur hingga kepulauan rempah-rempah Maluku. Armada ini dipimpin laksamana dari Jawa Timur.
Kapal bendera ditempatkan di setiap armada gugus kapal perang Majapahit. Kapal bendera menjadi tempat kedudukan pimpinan komando tertinggi bagi semua kapal penyerang, kapal perbekalan, dan pelindung kapal bendera.
Kapal Majapahit Penguasa Lautan
Saat awal dipimpin Mpu Nala, Angkatan Laut Kerajaan Majapahit menggunakan kapal-kapal perang bekas tentara Mongol, yang dikirim oleh Kubilai Khan untuk menaklukkan Jawa, pada saat pemerintahan Kertanegara.
Kehadiran Laksamana Nala sebagai panglima angkatan laut Kerajaan Majapahit, barawal dari kesadaran Gajah Mada untuk meminta bantuannya. Gajah Mada yang telah mengucapkan Sumpah Palapa, menyadari tidak mungkin dapat mewujudkan sumpahnya menguasai Nusantara, hanya mengandal jalur darat
Kala sumpah Amukti Palapa diucapkan sang Mahapatih Kerajaan Majapahit, Pulau Bali, Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, dan Tumasik (Singapura) belum berada di bawah panji kekuasaan Majapahit.
Gajah Mada membutuhkan armada laut uang kuat, untuk menyatukan pulau-pulau tersebut melalui ekspedisi maritim.
Kekuatan angkatan laut Kerajaan Majapahit kala itu masih sangat lemah. Gajah Mada memberanikan diri meminta bantuan dari Laksamana Nala untuk memperkuat angkatan laut Kerajaan Majapahit. Penguatan angkatan laut ini dilakukan dari sisi kualitas dan kesejahteraan prajurit, serta kualitas kapal perangnya.
Kapal-kapal Majapahit itu, diciptakan Mpu Nala dari sejenis kayu raksasa yang hanya tumbuh di suatu pulau rahasia. Hal ini membuat kapal-kapal Majapahit cukup besar pada masa itu.
Mpu Nala berhasil membangun angkatan laut Kerajaan Majapahit menjadi terbesar dan terkuat di dataran Asia Tenggara. Angkatan laut Kerajaan Majapahit di bawah pimpinan Laksamana Nala memiliki sekitar 40 ribu tentara. Kekuatan ini membuat Majapahit disegani di kawasan Asia Tenggara, bahkan hingga Kekaisaran China.
Laksamana Nala menjadi panglima angkatan laut permata Kerajaan Majapahit, yang memiliki kejeniusan tinggi pada zamannya. Saat belum ada sekolah kelautan, Mpu Nala sudah bisa menciptakan kapal-kapal canggih dengan bermodalkan hasil mempelajari kapal-kapal perang milik bangsa Mongol.